Johannes Baptist Kerner wuchs in Berlin auf und studierte dort nach dem Abitur Betriebswirtschaftslehre. 1986 startete Kerner seine Fernsehkarriere mit einem Praktikum beim Sender Freies Berlin, der ihn als TV-Sportreporter für die Sendungen "Sport 3" und "SFB-Sportreport" engagierte.

Zwei Jahre später, im April 1992, begann Kerners steiler Aufstieg beim Privatsender SAT.1. Mit erst 27 Jahren übernahm er die Leitung der Sportsendung "ran" und profilierte sich endgültig als Sportreporter. 1996/97 wurde der blonde Linkshänder durch seine erste tägliche Talkshow "Kerner" auch als Entertainer bundesweit bekannt.
  
1996 wechselte der gebürtige Bonner zum ZDF. Hier moderierte er bis 2006 das "Aktuelle Sportstudio" und zahlreiche Sportevents – u.a. Olympische Spiele sowie Fußball-Europa- und Weltmeisterschaften. Außerdem präsentierte er Unterhaltungsformate wie "Unsere Besten", "Wie schlau ist Deutschland" und die Jahresrückblicke "Menschen".

Der Einsatz im Sport hat ihn ebenso populär gemacht wie seine Tätigkeit als Moderator der Sendung "Johannes B. Kerner", die er drei Mal in der Woche leitete.

Im Oktober 2009 kehrte Kerner zu SAT.1 zurück, wo er unter anderem das Magazin "Kerner", "ran", "Das große Allgemeinwissensquiz" und den Jahresrückblick moderiert. 

Der Privatmann Johannes B. Kerner ist mit der Hockey-Nationalspielerin Britta Becker verheiratet und lebt in Hamburg. Die beiden haben drei Töchter, Emily Blomma, Polly Marie und Jilly Lina und einen Sohn, Nik David.