Eine Joggerin stößt im Park auf die entstellte Leiche eines jungen Mannes. Wie sich herausstellt, handelt es sich um den 25-jährigen Aman Patel, einem indischstämmigen Studenten für Maschinenbau.

Das Navy CIS-Team aus Los Angeles steht vor einem seiner schwierigsten Fälle. Über US-Boden verschwindet ein russisches Flugzeug mitten in der Wüste überraschend vom Radar. Wie sich herausstellt, ist es voll beladen mit Raketen und nuklearen Waffen.

Nach einem trinkfröhlichen Abend erwartet das NCIS-Team am nächsten Morgen ein weiterer grausamer Fall, der all seine Expertise erfordert. Doch damit nicht genug: Das Mordmotiv führt die Ermittler auf die Jagd nach einem verborgenen Schatz.

Das FBI steht vor einem brisanten Fall: Ein Schulbus samt 26 Grundschüler wurde von Unbekannten entführt. Da weder die Handys geortet noch GPS-Signale empfangen werden können, durchsuchen die Agenten den zuletzt ermittelten Standort.

Das Team muss einer brisanten Angelegenheit nachgehen: Zwei Navy SEALs behaupten, dass ihr Vorgesetzter Thomas Argento ein Kriegsverbrechen begangen haben soll. Bei einem Einsatz in Afghanistan soll er einen unbewaffneten Gefangenen kaltblütig erschossen haben. Sam, Callen und Devin Roundtree reisen nach Kandahar, um der Sache auf den Grund zu gehen ...

Rätselhafter Fund: Mitten im Keller des Hauptquartiers stößt die NCIS auf eine Leiche. Die Ermittlungen zeigen, dass das Opfer mit einer Mafia-Organisation in Verbindung steht, die für Gibbs nicht unbekannt ist. Der Fall weckt alte Erinnerungen.

Als ein Unbekannter vor der Umweltbehörde auf zwei Demonstranten schießt, liegt die Vermutung nahe, dass der hinterhältige Angriff politisch motiviert sein könnte. Kurze Zeit später wird eine weitere Person ums Leben gebracht. Die FBI-Agenten sind sich sicher, dass sie es mit einem Serienmörder zu tun haben.

Die Milliardärstochter Chloe Ford wird entführt. Der Täter, Mike Helton, ist schnell aufgespürt, doch ihn zu fassen ist für die Ermittler ein größeres Problem, denn der Entführer befindet sich gemeinsam mit Chloe in einem undurchdringlichen Panikraum.

Vor einigen Jahren arbeitete der NCIS-Agent Robert Forbes gemeinsam mit seiner Kollegin Rhea Moretti daran, einen Waffenschmuggler dingfest zu machen. Doch die Operation lief schief und der Gesuchte konnte untertauchen.

Das NCIS-Team steht vor einem Mysterium, als eine Leiche aus dem Autopsiesaal spurlos verschwindet. Wollte man mit dieser makabren Tat womöglich Beweise vertuschen? Gibbs und Fornell versuchen derweil, einen mächtigen Drogendealer dingfest zu machen.

Als Navy Commander Timothy Weir nicht zum Dienst erscheint, verfolgen Kensi und Sam seine letzten Spuren. Eine führt zu Mandy Huang, Mitarbeiterin des chinesischen Konsulats, eine weitere in eine dubiose Autowerkstatt.

Die Behörden schnappen Callens Vater und wollen ihn gegen ein Ehepaar austauschen, das in Iran auf Grund von Spionagevorwürfen inhaftiert wurde. Natürlich will Callen das mit allen Mitteln verhindern und erhält dabei Unterstützung von seinem Team.

Ein Officer wird zusammen mit einer anderen Person tot in einer Raststättentoilette aufgefunden. Wie sich herausstellt, ist der unbekannte Tote ein alter Freund von Torris, damals aus der Polizeischule

Der Krieg fordert Grausamkeit. Lange dachte Claire, dass ihr Mann von seinem Kameraden Ray im Vietnamkrieg ermordet wurde. Doch nun taucht ein Tonband auf, auf dem ihr Mann Daniel seinen Suizid ankündigt. Natürlich will sie Ray daraufhin aus dem Gefängnis